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在活树的树干或树枝上生长的真菌通常是致命疾病的征兆。在枯树桩上看到真菌是自然腐烂过程的健康迹象。与昆虫和细菌一起，真菌有助于分解死木并将其养分返回土壤。不过，不要急于在同一个地方重新种植。在树桩消失后的几年里，某些类型的真菌会感染带有耐寒孢子的任何植物的根部。
杂色栓菌
Trametes versicolor 通常被称为“火鸡尾巴真菌”，因为它的棕色和棕褐色、扇形生长模式类似于火鸡的尾巴。据加州大学戴维斯分校称，这种真菌可以侵入大量落叶和常绿的树桩，当它们刺破树皮到达形成层时甚至可以杀死活树。这种真菌成群出现，直径为 1 到 4 英寸，可以迅速将树桩变成深而肥沃的土壤。
异担子
Heterobasidion annosum 攻击常绿树桩，但偶尔也会在落叶树和果树上发现它。根据北卡罗来纳大学的说法，它是一个偷偷摸摸的杀手，通常直到树受到严重影响才会出现症状。第一个症状通常是在树干基部出现小的管状子实体。推荐的杀死这种真菌的方法包括在树桩上涂抹硼酸盐和尿素。
灵芝
灵芝因其货架状的闪亮棕色外壳而被称为清漆真菌，攻击干旱胁迫的落叶乔木，如柳树、朴树、苹果和紫荆花。根据加州大学戴维斯分校的说法，一年生子实体的宽度可达 14 英寸，这使它成为一个真正有趣且快速的树桩溶解器。它也是一个机会均等的食客，攻击树桩的根部和身体。
立体藻
Stereum sp.，因其纸质薄皮而被称为“羊皮纸真菌”，最常见于木兰、郁金香、梓树和榆树等枯死落叶树的枯枝残桩上。它很少活跃到足以杀死一棵活树。子实体成簇出现，直径只有一英寸左右，表面灰褐色，底面褐色。根据加州大学戴维斯分校的说法，这种真菌的某些种类在被刺穿时会渗出红色液体。
